Puede ocurrir que los órganos digestivos no estén completamente desarrollados o se encuentren en una mala posición y sean causa de obstrucciones, o que músculos y nervios del tracto digestivo sean defectuosos.
Los síntomas dependen de la localización del defecto y pueden incluir dolor, distensión abdominal y vómitos.
La inspección, historia clínica y pruebas de imagen específicas pueden lograr el diagnóstico, que a menudo requiere de tratamiento quirúrgico.

Estos defectos pueden presentarse en vías biliares, páncreas y tubo digestivo con mayor frecuencia. Entre los más frecuentes se encuentran los siguientes:

Defectos de la pared como el onfaloceleen el cual el intestino u otros órganos abdominales del bebé protruyen a través de un agujero en la zona del ombligo y están cubiertos por una membrana peritoneal. En la gastrosquisis no hay membrana que cubra.

• Ano imperforado, malformación anorrectal o atresia anal, es un defecto que se presenta al nacer (congénito) y que implica ausencia u obstrucción del orificio anal.
• La atresia biliar ocurre cuando las vías biliares dentro o fuera del hígado están anormalmente estrechas, bloqueadas o no están.
• La hernia diafragmática es un defecto del nacimiento en el que hay una comunicación de la cavidad abdominal hacia el tórax a través de u orificio en el diafragma y quye provoca que los órganos abdominales (Intestino, estómago, bazo) se desplacen hacia el tórax.
•  La atresia esofágica y fístula traqueoesofágica son defectos en los cuales el esófago no se desarrolla apropiadamente y pueden estar incompletos o comunicados.
• En la enfermedad de Hisrschprung los nervios están ausentes en una parte del intestino, éstas áreas no pueden movilizar el contenido intestinal causando obstrucción con el consecuente aumento de volumen intestinal.
• La malrotación intestinal es un defecto de nacimiento que se presenta cuando los intestinos no rotan correcta o completamente a su posición final normal durante el desarrollo. Las personas que nacen con malrotación intestinal podrían desarrollar síntomas y complicaciones, con mayor frecuencia cuando son bebés, pero a veces más tarde en la vida.
  
  Los controles prenatales en las mujeres embarazadas son una de las claves para la prevención, así como los cuidados recomendados durante el embarazo como evitar el consumo de alcohol y cafeína, fumar, drogas, debe tener una alimentación saludable y aplicarse las vacunas correspondientes, así como acudir a su médico ante cualquier duda.